Après le Changement, l'enseignement supérieur a été l’objet de profondes transformations structurelles qui se sont produites au niveau de sa mission et sur le plan des infrastructures et des programmes. Le Président Zine El Abidine Ben Ali avait, en effet, appelé à l'ouverture du dossier de l'université et d'entreprendre dans ce domaine une réforme profonde et globale. Cette réforme a pour objectif de mettre l'institution universitaire à même, à la fois, d'être au diapason des mutations économiques et sociales intervenues, à l'échelle nationale, dans les domaines du développement et sur le plan économique et social et de suivre la révolution enregistrée de par le monde dans le domaine des sciences et des connaissances.

L'extension progressive de l'Université est l’une des constantes de l'investissement dans l'enseignement supérieur. Deux universités ont été créées à Gabès (au sud) et Jendouba (Nord Ouest) en 2003 et trois universités en 2004, une Université de Kairouan, Monastir et Gafsa.